向來與國防較為脫節，在製造軍用船艦及較特殊的船船舶零組件隻，如汽車、液化瓦斯運輸等船型設計經驗皆尚嫌不足。此外，人工成本高、缺乏具經驗之工程及管理專業人員等問題也急需解決。過去有四家造船廠（台船、中信、慶富、龍德）曾建造軍用船艦，其中僅台船具備噸位較大之運輸艦、補給艦與巡邏艦等相關經驗，且由於國際地位特殊，採購時時受阻。拓墣專案研究中心研究經理陳永穎表示，台灣海軍的潛艦編制向來受限於美國及荷蘭等供應，實非長遠之計，自行船舶零配件商製造潛艦將是唯一突破困境的做法。透過關鍵材料軍購、但建造經船舶零配件驗不多。表示，潛艦國造需要引進更嚴謹、更先進的船殼建造技術，不容耐壓船殼出現任何差錯。主要裝備系統的研發及整合，公會理事長、中信造船總裁韓碧祥表示，即使是困難度最大的潛艦國造，「只要設計圖作好，政府有決心、有預算，絕對沒問題」。